本发明属于信息处理技术领域，特别涉及一种基于应用程序的水印处理方法及系统。所述方法包括：获取或生成水印信息；获取或创建遮盖层；将所述水印信息添加至所述遮盖层。本发明的水印嵌入方法具有可移植性和扩展性强的特点，能针对涉密应用程序的密级，选择性地进行屏幕保护；在遮盖层中嵌入的水印始终保持在最上层的视图中，处于置顶显示状态，因此避免了水印被遮挡而失去防护能力；水印能够定时更新，提高防护效果。