本发明公开了一种飞行器目标自动跟踪方法，第一步是初始目标的自动跟踪，对光电经纬仪接收到的红外图像进行预处理，使用卷积神经网络检测校正的图像中是否有飞行器目标及飞行器释放的飞行目标，存入备选缓存并记录图像坐标，启动KCF跟踪器对图像坐标初始化，开始跟踪循环；第二步是跟踪切换，如果是飞行器再次释放的飞行目标，到达需要跟踪的批次数N，将记录该飞行目标图像坐标，启动KCF跟踪器对图像坐标初始化，开始新目标跟踪循环，在搜索窗口坐标内使用KCF跟踪器搜索目标，得到目标脱靶量，如果有对应目标，则输出脱靶量并进入下一个跟踪循环，如果没有对应目标，输出跟踪中断信号，结束循环。