本发明属于生物环保技术领域，公开了一种氨基酸发酵废水二次增值利用的方法，其包括如下步骤：步骤1)制备改性蒙脱石，步骤2)发酵废水处理，步骤3)制备肥料。在肥料制备中能够使用发酵废水，但是无法对废水进行全部有效利用；本发明通过吸附净化废水，排出废水后综合利用；而废弃菌体蛋白联合部分发酵废水、处理废水后的废弃的吸附剂，能够制得肥料，提高产品附加值，适应资源节约、提高企业竞争力的要求，使经济效益和生态环境两方面实现双赢，从而实现经济效益、环境效益、社会效益的协调统一。