本发明涉及一种基于混合加密的电子邮件数据安全保护方法。现有数据加密方法或者保密性相对较低，或者内存资源较多。本发明包括针对终端之间的电子邮件通信的数据加密方法和针对终端与服务器之间的通信的数据加密方法。服务器生成一对用于非对称加密的公钥和私钥，将服务器公钥下发到客户端保存；客户端生成一对用于非对称加密的公私和密钥，将客户端公钥上传到服务器端；服务器设置客户端公钥库，将各个客户端公钥以及作为标识的注册ID保存在客户端公钥库中；客户端设置密钥流生成器，通过设定寄存器个数生成对称密钥。本发明结合了对称加密与非对称加密方法，集合了对称加密机制速度快与非对称加密安全性更高的优势，占用资源少且机密性高。