本实用新型公开了一种连续流动注射泵系统，其包括主控单元、第一流路单元、第二流路单元、供液单元和出液单元，第一流路单元包括第一柱塞泵、第一电磁阀和第一单向阀，第一柱塞泵的出口端连接至第一电磁阀的公共端，第一电磁阀的常闭端连接至第一单向阀的公共端；第二流路单元包括第二柱塞泵、第二电磁阀和第二单向阀，第二柱塞泵出口端连接至第二电磁阀的公共端，第二电磁阀的常闭端连接至第二单向阀的公共端；第一电磁阀和第二电磁阀的常开端均连接至供液单元，第一单向阀和第二单向阀的出口端均连接至出液单元。本实用新型通过两个流路单元中工作状态切换和流速控制实现连续流动状态的液体输出，解决了现有技术中的缺陷。