本实用新型公开了一种船舶尾气脱硫系统及水质监测方法，系统包括海水泵、脱硫塔、水质检测仪和控制器，三通阀的一个进水端通过海水分管A连接至海水管，三通阀的另一个进水端通过排水分管B连接至排水管，三通阀的出水端通过出水管C连接至排水管，且出水管C与排水管的连接点位于排水分管B与排水管连接点的下游，水质检测仪设置在出水管C上。海水泵、水质检测仪和三通阀通过信号线与控制器信号连接，并由控制器控制三通阀的两个进水端的开闭切换和开通时间，并以此保证水质检测仪检测的取样为纯海水或纯从脱硫塔排出的水。通过本方案仅需要一套水质检测仪即可完成海水和脱硫塔排水的水质检测，保证了检测的稳定性，节约了成本。