本实用新型涉及一种磁性分离装置，属于生物分离技术领域。一种磁性分离装置包括安装板，在安装板上方设置有矩形阵列分布的磁铁，磁铁通过垫片结构架设于安装板上，在安装板上设置有支撑板，在支撑板上开设有若干个呈环形阵列式设置的小孔，每四个相邻的小孔之间设置一个磁铁，垫片结构为包括固定板和设置在固定板中心位置的固定凹槽，在安装板开设有第一导向孔，在支撑板上开设有第二导向孔，在第一导向孔内设置有导向杆，导向杆顶端插入导向孔，导向杆底部连接有支撑座，在支撑座上设置有用于调整安装板高度的升降机构。本实用新型的有益之处在于：结构简单，结构简单、适用范围较广、磁吸附效率较好，便于调整磁铁的位置。