本实用新型公开一种下沉储水箱式智能马桶除臭系统，其中，除臭通道两端分别设有进风口和出风口，于进风口和出风口之间设有一个以上的安装腔体；至少于其中的一个安装腔体底部设置有第一开口部，于出风口的底部设置有第二开口部，所述第一、二开口部浸入马桶水箱腔腔体内的水中，与达到设定高度的工作水位形成的密封通道；于该除臭通道的内壁喷涂有除臭介质。除臭组件包括自除臭通道的进风口往出风口方向固定设置在该除臭通道中的除臭介质网格，除臭介质筋条，除菌灯和风机。该系统不仅提高马桶除臭效率，且在除臭的同时，对除臭通道进行除菌，减少细菌存在，并激发除臭介质的活性，提高产品的除臭效率，简化除臭介质的维护。