本实用新型公开了一种应用于动物防疫的隔离消毒装置，包括箱体、密封盖和把手，所述箱体顶端铰接有密封盖，且箱体的壁体上开设有通孔，并且箱体的内壁上固定粘接有松紧带，所述密封盖的内壁与药水盒固定粘接，且密封盖与加药管焊接连接，并且密封盖上设置有把手，所述把手通过密封盖延伸至药水盒内，且把手与药水盒之间为密封直线轴承活动连接，并且位于药水盒内部的把手末端固定粘接有活塞板，所述加药管与药水盒法兰密封连接，所述通孔孔壁处的箱体密封粘接有橡胶皮。该应用于动物防疫的隔离消毒装置，可以对动物进行初步消毒，便于后续的治疗，以及避免病菌传染，实用性强。