一种适用于固体菌种接种机的菌棒输送机构，包括输送机架和安装在输送机架上的输送件，在输送件上固定安装有若干供菌棒按菌棒长度方向与输送方向一致放置的菌棒支承件或菌棒限位件。所述的输送件为输送皮带、输送链条或者输送链板。本实用新型还公开了使用前述菌棒输送机构的固体菌种接种机。本实用新型菌棒输送机构改变了现有技术中的将菌棒与输送方向垂直设置的方式，在输送件上的菌棒的长度方向与输送方向一致横向成排放置在菌棒支承件或菌棒限位件上，通过菌棒支承件的支承，或者通过菌棒限位件的限位，接种后，无需再采用配套的推包装置进行换向，即可实现装袋或者直接输至下一工序去处理。大大节约了接种机的安装空间，操作也更为方便。