本实用新型涉及水产品育苗系统技术领域，公开了一种室内小龙虾工厂化育苗养殖系统，包括依次首尾连接的回水池、净水系统、蓄水池、水恒温系统、和养殖箱，所述净水系统包括紫外线灯杀菌管、物理过滤箱、一级消化细菌处理箱、二级消化细菌处理箱和物理沉淀箱，所述回水池用于存储从养殖箱内流出的使用后的废水，所述蓄水池用于存储经净水系统处理后的干净水。本实用新型养殖系统在回水池、净水系统、蓄水池、水恒温系统和养殖箱之间建立良好的水循环系统，提供适于室内小龙虾养殖的合适环境，杜绝室外养殖的诸多不可控因素，大大提高了龙虾养殖产量和龙虾育苗的存活率。