本实用新型涉及水池消毒技术领域。本实用新型公开了一种水池消毒系统控制电路，包括主控电路、氯电解控制电路、水电解控制电路和水电解电流采样放大电路，所述水电解控制电路和氯电解控制电路的控制输入端分别与主控制电路的控制输出端连接，所述水电解控制电路和氯电解控制电路隔离不共地，所述水电解控制电路和氯电解控制电路的输出端分别接水电解电极和氯电解电极，所述水电解电流采样放大电路用于采集水电解电流并进行放大后输出给主控电路。本实用新型将水电解控制电路和氯电解控制电路隔离不共地，水电解电流不会再从氯电解的阴极分流，到达精确的水电解电流采样，解决了水池消毒控制系统高盐水电解时盐浓度监测偏差较大的问题。