本实用新型公开了一种抗菌肽结晶装置，其特征在于：包括蒸发罐及结晶罐，所述蒸发罐顶部设有进料口，所述蒸发罐内部设有第一搅拌机构，所述第一搅拌机构包括第一搅拌电机及第一搅拌轴，所述第一搅拌电机输出端穿过蒸发罐底部并连接第一搅拌轴，所述第一搅拌轴从蒸发罐底部向蒸发罐顶部延伸；所述蒸发罐内部通过导热板隔开形成加热层，所述加热层内设有加热部件；所述蒸发罐与结晶罐通过蒸气管连通，所述蒸发管上连接有抽气部件；所述结晶罐内部设有冷凝板将结晶罐分隔为结晶腔和冷凝腔，所述冷凝腔通过冷凝管连接外部制冷器。本实用新型具有抗菌肽结晶过程能够连续的进行，结晶效率高，溶液能够完全结晶。