本实用新型公开一种供水消毒系统，包括消毒箱体，所述消毒箱体内竖向设有两个搅拌轴，所述搅拌轴为空心圆筒结构，其表面均匀设有多个搅拌杆，所述搅拌杆也为空心圆筒结构且与搅拌轴连通，搅拌杆表面开设有多个通孔，所述搅拌轴顶部穿过副摩擦轮中心，副摩擦轮轮面与主摩擦轮轮面接触，主摩擦轮中心与伺服电机输出轴连接，进气管底部伸入到搅拌轴顶部内，进气管顶部通过抽气泵与抽气管一端连接，抽气管另一端与二氧化氯储罐顶部连接，进空气管一端伸入到二氧化氯储罐内，另一端设有空气加热器；本实用新型能够提高消毒过程中的搅拌混匀效果，使得消毒剂投料后能够快速分散均匀。