本实用新型涉及菌类种植领域，具体涉及一种全自动菌棒打孔装置，包括：工作台、凸台套筒、打孔导向套、弹簧顶块结构、槽轮间歇运动机构。其中的槽轮间歇运动机构驱动凸台套筒进行间歇转动，弧面凸台顶动顶轮使得顶轮带动连接杆沿径向方向向木柱或菌棒轴线方向推动，钻头对木柱或菌棒进行打孔，转动之前顶轮处于弧面凸台的起始位置，在此转动周期过程结束时，凸台套筒转动使得顶轮处于下一个弧面凸台的起始位置，在复位弹簧的作用下，凸台套筒转动使顶轮从上一个弧面凸台高点的位置到下一个弧面凸台的起始位置，钻头复位。这是一个整个装置完整周期的运动行程，整个装置不停运转，无限制周期性重复此周期性运动行程，打孔效率高，简单方便实用。