本实用新型涉及一种基于扁平栽培容器的植物根系自动化成像系统，包括栽培容器区：用于存放一个以上的待成像的扁平栽培容器；成像区：使用单反相机成像为待观察的扁平栽培容器中的根系进行正反面拍摄成像；运移装置：用于完成扁平栽培容器在栽培容器区和成像区之间的运移，本实用新型的有益效果是：系统整体结构简洁，可观察的植株数量大，通过单个相机和多排扁平栽培容器间的运动，实现对每个扁平栽培容器中植株植物根系正反面的成像，数据采集量大且效率高，可对作物植物根系无损伤、高通量、全自动植物根系表型分析，测量分析参数包括根冠结构、根冠面积、根长等，适合新时代对植物表型的科研仪器要求，值得广泛推广。