本实用新型公开了电动自行车技术领域的一种电动自行车智能控制系统，包括电动自行车电源、降压模块、指纹模块、蓝牙模块、单片机和继电器，通过降压模块将电动自行车电源降压供指纹模块、单片机、蓝牙模块和继电器使用，指纹模块通过WAK感应信号，将指纹匹配结果传递给单片机，单片机处理后，若指纹匹配，则通过单片机的八号接口输出高电平，驱动继电器工作，实现电动自行车的启停，同时该系统安装在电动自行车的壳体内侧，即使外侧的电源锁被破坏，电动自行车的电磁锁依然可以正常工作，提高了防盗性能，具有实用性。