本实用新型提供了一种全自动双重反冲洗自洁式过滤器，包括岸基控制器、第一液体输送泵、第二液体输送泵、第一三通阀、第二三通阀、第三三通阀、第四三通阀、第一三通接头、第二三通接头、第三三通接头、第四三通接头、第五三通接头、第六三通接头、第一过滤头组、第二过滤头组、电机、电控单元、采样清洗装置和压力传感器；所述岸基控制器用于向电控单元发送命令控制所述液体输送泵的流速、所述三通阀的阀位切换以及电机的转速；所述第一液体输送泵包括第一开口、第二开口，所述第二液体输送泵包括第三开口、第四开口；应用本技术方案可实现过滤器可以长时间置于待测水体中连续使用。