本实用新型公开了一种医用纱布自动分包系统，包括第一输送装置与控制器，还包括第二输送装置与机架，所述第二输送装置上设置有存储箱，所述第一输送装置顶部的一侧固定安装有安装座，所述安装座上固定安装有计数器。该医用纱布自动分包系统，通过第一输送装置、存储箱、第二输送装置、机架、固定凸块、导料框、输送框、出料仓、存料仓、弧形挡料座、驱动装置、上料座、上料槽、安装座与计数器的配合使用，从而可实现机械化持续性的进行纱布卷分包处理，从而有助于提高工作效率，降低人工成本，也不易出现串箱等问题，同时相邻的两个纱布卷之间间隔的距离较为均匀，有助于提高了纱布卷上料的均匀性，分包效果佳。