本实用新型涉及一种模拟移动床分离系统，包括水罐、原料罐、分离装置、第一成品罐、第二成品罐和第三成品罐，水罐用于提供水、原料罐用于提供待分离原料，水罐与分离装置之间通过第一管道连接，第一管道上设置有第一阀门，原料罐通过第二管道与分离装置连接，第二管道上设置有第二阀门，分离装置连接有出料泵，出料泵出口连接有主管道，主管道分支为第一出料管、第二出料管和第三出料管，第一出料管上设置有第三阀门，第二出料管上设置有第四阀门，第三出料管上设置有第五阀门，第一出料管连通第一成品罐，第二出料管连通第二成品罐。该系统能够提高果糖纯度，提高分离效果，有效将各类糖分离。