本实用新型公开了一种液体菌种净化系统，架体顶部安装有净化箱体，净化箱体的下部前、后两端分别设置有进筐口、出筐口，进筐口和出筐口上均设置有筐口门帘，筐口门帘内开设有若干条净化风出口；净化过滤层的四周通过密封条安装在净化箱体内，净化过滤层分净化箱体的内腔为上部的缓冲腔和下部的净化腔，净化腔与架体的缓冲区域相连通，净化箱体的顶部开设有空气进口，空气进口与缓冲腔相连通。本实用新型采用净化过滤层的结构，可更换；净化过滤层上部为缓冲腔，利于风均匀通过净化过滤层；净化腔及缓冲区域的气流为正压，由内向外流出，不形成阻隔反流，保证了拔棒及接种的顺利进行。