本实用新型公开了一种脑外科用显微镜无菌保护套，包括无菌套体、设置在所述无菌套体上的固定绳组件和设置在所述无菌套体上的封口组件，所述无菌套体包括主套部和与所述主套部整体连接的两个手柄套，所述固定绳组件设置在所述主套部的外围上，所述封口组件设置在所述主套部的套口位置。本实用新型的保护套可以将松紧目镜口和松紧物镜口分别有效套紧在显微镜的目镜和物镜上，避免了在脑外科手术过程中操作显微镜造成无菌套体在目镜或物镜位置移动，从而保证了有效的无菌区，达到了无菌套体保护的目的，另外改变了传统的无菌保护套固定不佳的缺点，避免了医护人员在手术过程中需要频繁调整无菌保护套的麻烦。