本实用新型涉及一种介质波导滤波器，包括第一谐振腔、第二谐振腔和第三谐振腔，所述第二谐振腔和第三谐振腔相互连接，所述第一谐振腔设置在所述第二谐振腔和第三谐振腔的上端；所述第一谐振腔与所述第二谐振腔、第三谐振腔之间分别设置有第一耦合窗口、交叉耦合窗口，所述第二谐振腔和第三谐振腔之间设置有第二耦合窗口。本实用新型可实现在第一谐振腔、第二谐振腔和第三谐振腔之间产生两个传输零点，从而在设计较复杂滤波器时可满足滤波器的传输零点的数量要求。