本实用新型提供了一种水旱混合无害化卫生厕所系统，包括旱厕位以及水厕位，旱厕位的下方设置有第一进粪管，水厕位的下方设置有第二进粪管，第一进粪管的底端连通设置有旱厕粪污降解池，第一进粪管的底端与旱厕粪污降解池的底端之间的距离在旱厕粪污降解池深度的1/3至1/2之间，第二进粪管的底端连通设置有水厕粪污降解池，还包括有发酵池和储粪池，旱厕粪污降解池与水厕粪污降解池之间、水厕粪污降解池与发酵池之间以及发酵池与储粪池之间均设置有过粪管，且通过过粪管连通，储粪池上连通设置有出粪管，旱厕粪污降解池以及水厕粪污降解池上均设置有排气结构和清渣口。本实用新型提供的一种水旱混合无害化卫生厕所系统能够使得使用效果更好。