本实用新型公开了一种全自动滤膜清洗器，它包括总支架、储水箱，所述总支架的顶部固定连接滤膜盒，滤膜盒位于储水箱的上方，滤膜盒底部设有进水孔和出水孔，进水孔和出水孔分别连接进水总管和出水管，出水管的出水端伸入储水箱中，进水总管的进水端与置于储水箱上方的微型水泵的出口相接，进水总管的内部安装有隔板和挡板，隔板的一侧与进水总管内壁活动连接，隔板置于挡板上，挡板固定在进水总管内壁；微型水泵的进口与三通阀的一个阀口相接，三通阀的另两个阀口分别连接内接进水管的一端和外接进水管的一端，外接进水管的另一端接外部水源，内接进水管的另一端伸入储水箱中，储水箱底部设置有排水阀。本实用新型全自动滤膜清洗器，适合多张滤膜同时浸泡，同时清洗，循环清洗彻底干净，简便快捷。