本实用新型提供了一种汽车变速箱电子控制器结构，包括上端盖、下端盖、接插件、水冷散热器，该下端盖位于所述上端盖的下部，所述上端盖通过密封圈与所述下端盖密封连接，所述上端盖的边缘设置有接插件安装口，所述接插件嵌设于该接插件安装口内，所述接插件通过所述密封圈紧贴于所述接插件安装口，所述水冷散热器包括散热模块、温度传感器、控制电路，所述散热模块包括水泵、冷却液、水冷块、水箱以及风扇。所述水箱用以储存冷却液，所述水泵用以抽取冷却液实现冷却液的循环，所述水冷块的数量为两个，分别用以与所述上端盖外部肋片及下端盖肋片接触。本实用新型的汽车变速箱电子控制器结构整体美观、散热性能极好、且具有防尘功能。