本实用新型实施例公开了一种自动输液接头消毒仪，包括输液接头、长握筒和旋转杆，所述长握筒为上端封闭、下端开口的长筒，且所述长握筒通过轴承套设在旋转杆上，且所述旋转杆通过电机驱动在长握筒内旋转，所述旋转杆底端连接有位于长握筒下方的清洗环套，所述清洗环套为上端封闭、下端开口、内部中空的环形套筒，且所述清洗环套与输液接头咬合，所述清洗环套内通过棉片更换装置安装有酒精棉片，通过旋转杆带动清洗环套和酒精棉片转动，清洗环套和酒精棉片咬合输液接头，酒精棉片转动产生摩擦来清洁输液接头表面，并清洗环套上设置了棉片更换装置，以克服使用棉签消毒导致的消毒不彻底、棉签不易着力、操作过程繁琐、浪费人力的问题。