本实用新型公开了一种应用于PCB基材防水涂层结构，包括型号标识块、固定螺孔、侧边U型槽、内侧线路、防水涂层、环氧树脂层、有机硅交联剂层、纳米粘连层、和底部基材，通过环氧树脂层、有机硅交联剂层和纳米粘连层所组成的防水涂层具有很好的防水性，并且不容易脱落，当防水涂层的纳米粘连层连接在底部基材上时，纳米粘连层的纳米分子就会和附着在底部基材空隙中进行固化，而且通过有机硅交联剂层的乳化反应，使得底部基材的非离子乳化，使得涂层膜强度得到提高，而环氧树脂层具有很好的防水性能，固化时，表面可以很好的形成致密性的薄膜，这样通过环氧树脂层的薄膜和纳米粘连层的分子间隙填补，使得起到很好的防水作用。