本实用新型公开了一种畜禽养殖沼液处理系统，包括顺序连通的混凝沉淀区、厌氧区、好氧区、缺氧区、铁碳微电解区及深度脱氮池，所述混凝沉淀区上设有进水口，所述深度脱氮池上设有出水口。本实用新型提供的畜禽养殖沼液处理系统，厌氧区、好氧区、缺氧区中添加生化填料，进行生物强化，避免了污泥的流失，省去了污泥回流；而且将厌氧区设置在好氧区前端，可以提高除磷效率，并将缺氧区设置在好氧区后端，先硝化后反硝化，免除了硝化液的回流。生化区后续设置强化微电解，提高了难降解有机物和色度的去除，整个处理系统结构简单，运行稳定，占地面积小，能降低色度、高效去除氨氮。