本实用新型公开了一种多通道微流控芯片夹具装置，其使用方便且能够实现不同层数芯片的捕获效率的平行试验比对。一种多通道微流控芯片夹具装置，包括基板和压板，基板的上表面上形成有多个下压紧部，压板的下表面上形成有多个上压紧部，多个下压紧部和多个上压紧部相互对应，多个上压紧部的高度不同或多个下压紧部的高度不同，压板上开设有对应多个上压紧部的多个上孔，基板上开设有对应多个下压紧部的多个下孔；微流控芯片夹具系统具有工作状态，当微流控芯片夹具系统在工作状态时，每个上压紧部和相应的下压紧部相互对齐以形成用于放置芯片夹具的夹持腔，多个夹持腔的高度不同。