本实用新型涉及水环境治理技术领域，公开了一种水体污染原位生态修复系统，包括交替间隔设置在水体中的好氧区、厌氧区，所述生态修复系统利用水体中的植物、微生物及细菌等作用，实现了水体中污染物的去除，尤其是氮的去除。所述好氧区包括人工曝气系统和生态基系统，所述生态基系统的水流入口侧处至少设置一个所述人工曝气系统，通过人工曝气系统的曝气作用，增加水中的溶氧，为生态基系统上的好氧微生物、好氧细菌等提供了有利生长环境，使其通过自身的作用，迅速将水体中的氨氮进一步转化为硝态氮；所述厌氧区为生态浮床系统，其利用植物根系吸收水中的富营养化物质，使得水体的营养得到转移，进一步降低水体中的氮磷含量。