本实用新型涉及一种封闭式银杏花粉分离装置，包括分离桶，所述分离桶内部中空状，所述分离桶的一端为进样口，另一端为出样口，所述进样口设置有与其相匹配的进样端密封盖，所述进样端密封盖与进样口之间螺纹连接，所述出样口设置有与该端口相匹配的出样端密封盖，所述出样端密封盖与该出样端口之间螺纹连接；所述分离桶的内部设置有分离筛板，所述分离筛板与所述分离桶之间固定连接；所述分离筛板的表面均匀设置有若干筛孔。本实用新型通过设置带有分离筛板的银杏花粉分离桶，使花粉和花药在一个封闭的空间内完成分离，并从不同的端口移出，避免出现花粉乱飞的现象，且避免进样口和出样口为同一端口而造成样品相互污染的问题。