本实用新型公开了一种水质微生物净化装置，包括净水池和与净水池连通的微生物净化机构，净水池一端上部设有进水管，另一端下部设有排水管，净水池沿水流动方向设有第一挡水板和第二挡水板，进水管与第一挡水板之间的净水池上设有浮渣过滤机构，第一挡水板与第二挡水板之间的净水池上设有酸碱调节装置，第二挡水板与出水管之间的净水池内设有曝气管，出水管与微生物净化机构连接，微生物净化机构包括净化箱和净化箱顶部设置的照明系统，净化箱入口处设有微生物投放装置，净化箱出口处设有浮球阀。本实用新型通过设置微生物净化机构，可在水中投入微生物，并在水中初步培养微生物，以提高微生物的存活率，减少了水质净化的成本。