本实用新型公开了一种磷石膏滤液净化分离系统，包括带水挡的过滤池、排水系统、水池和碱液配置罐，所述过滤池由底部的滤液池以及带过滤结构的顶盖组成，所述滤液池内安装第一搅拌桨，底部出口设控制阀，其通过排浆管循环至顶盖上方，所述排浆管上安装排浆泵；所述排水系统包括多个具备高度差水平布置在滤液池中的水线管，所述水线管均设阀门，并与水泵连通，所述水泵通过排水管连接至水池，旁设与之连通的碱液配置罐。本实用新型不仅可避免磷石膏滤液外溢，污染环境，还能将其收集，分离出磷石膏进行循环利用，而其滤除的清滤液则与碱液中和后排放或者利用。