一种磁悬浮轴承系统保护装置，现有的磁悬浮轴承，转子可能会发生偏转，通常采用在转子的外周加设一保护轴承进行保护的方式，转子偏移过大时，可能会对保护轴承造成损坏。本实用新型不将保护轴承作为第一级保护，在保护轴承前再加一级保护装置，该保护装置具有软且自润滑特性，使滚珠轴承作为第二级保护存在。相对转子的材料结构，该一级保护装置具有较软且带有自润滑属性，即使出现转子与该保护装置相撞的情况，也不会对转子造成损伤。本实用新型可使用特殊保护装置作为第一级保护，防止转子对滚珠轴承造成较大的冲击力，且控制器可检测轴与滚珠轴承间的气隙，判断第一级保护装置的磨损情况，及时更换。