本实用新型公开了快速分离提取酒窖发酵基质中微生物DNA的电泳装置，包括保护箱和电泳箱，所述保护箱内固定焊接有隔板，所述隔板上挖设的凹槽内设置有电泳箱，且电泳箱穿过保护箱的顶板，所述隔板上还安装有多组冷凝器的冷凝管，所述电泳箱的顶端通过弹簧合页转动连接有箱盖，所述电泳箱内安装有正电极和负电极，所述箱盖挖设的卡槽内安装有绝缘的固定架，且两组固定架分别与正电极和负电极通过黏胶粘接，所述箱盖的由透明玻璃制成，所述箱盖的另一侧安装有与电泳箱电性连接的密码锁，所述箱盖的上方设置有盖板。该快速分离提取酒窖发酵基质中微生物DNA的电泳装置，不仅温度控制精准，而且通气处理液方便快捷。