本实用新型公开了一种水体环境DNA的采集装置，包括箱体，所述箱体为空腔结构，且其前壁面开口，并且在开口上铰接有一对密封门，所述箱体内具有隔板，将箱体内空腔分为左右两个独立隔间，所述箱体一侧隔间内安装有DNA储存结构；本实用新型涉及水体环境DNA技术领域，该水体环境DNA的采集装置，通过DNA采集结构内的驱动组件实现了在水中移动，可以跨区域采集DNA水体样本，采集区域更加灵活，工作人员只需要在岸边放出设备即可，通过DNA采集结构内的抽水泵对水体进行抽取，并且抽水深度可调节，可以满足不同的使用需求，通过DNA储存结构将不同区域的样本进行存放，可以达到分组存放的目的，方便后续操作以及保存。