本实用新型提供了一种负压清洗装置，包括盒体、放置盖、吸附柱和负压吸引器，所述盒体的内部形成抽吸腔；所述放置盖盖在所述盒体上，所述放置盖上设有至少一个贯穿的放置孔；所述吸附柱的内部形成吸附孔，所述吸附孔的两端分别形成进入口和排出口，所述吸附柱插入所述放置孔中，所述吸附孔与所述抽吸腔相连通；所述负压吸引器与所述抽吸腔相连通，所述负压吸引器用于抽吸所述抽吸腔中的液体。该负压清洗装置，专门针对负压吸附的清洗方式设计，可适用于大分子制剂的清洗，比如蛋白质、核酸、多糖等制剂的清洗，操作更简单，成本更低，可适应市面上各种规格的吸附柱，能防止相邻的吸附柱之间的交叉污染。