本实用新型公开了一种生态农业种子消毒处理装置，包括消毒箱，所述消毒箱的顶部固定连接有第一电机，所述消毒箱内壁的顶部固定连接有第一轴承，所述第一电机的输出轴与第一轴承的内壁固定连接，所述第一轴承的内壁固定连接有转轴，所述转轴的底部固定连接有滤网箱。该生态农业种子消毒处理装置通过设置消毒箱、滤网箱和转轴，能够将种子中掺杂的杂质过滤，使种子可以受到更好的消毒，通过设置了加热箱、水箱和排气管道，能够使消毒箱内部的种子受到均匀的消毒，有效的避免种子失去活性，无法播种的情况，通过设置了抽风机和排风管道，能够有效的加强种子的干燥，避免种子表面容易残留消毒液，导致种子质量不纯和容易变质的情况。