本实用新型涉及一种房屋屋顶污水过滤分离系统，包括管口设置在屋顶的屋顶下水管，在所述屋顶下水管上设置有阀门，所述屋顶下水管下端管口下侧设置有雨污分离器，所述雨污分离器内倾斜设置有条形滤网，对应所述条形滤网倾斜方向在雨污分离器上开有清污口，所述雨污分离器上连通有下水管。屋顶下水管口不需要设置滤网，可扩大屋顶排水量；利用负压原理，形成负压，有利于树叶等杂物随水流排出；水流直接将杂物冲到雨污分离器中进行水污分离，不会堵塞下水管，并将垃圾清理点从屋顶泄水口处改为地面合适位置便于操作。