本实用新型属于纳米技术领域，尤其涉及一种磁性纳米机器人生产系统。本实用新型提供的生产系统包括：压合装置；与所述压合装置的出料口相连的真空镀膜装置；与所述真空镀膜装置的出料口相连的掩膜版剥离装置；与所述掩膜版剥离装置的出料口相连的衬底碳化装置。采用本实用新型提供的生产系统可生产具有良好磁性的纳米机器人，由于该纳米机器人具有磁性，因此可通过磁场强度和方向的改变使纳米机器人按照指令运动到指定位置，从而解决了纳米机器人在导航、动力、移动方向控制等方面存在的问题。而且，本实用新型提供的生产系统工艺流程简单，自动化程度高，可进行磁性纳米机器人的批量化生产，具有广阔的市场前景。