本实用新型涉及水文检测设备领域，具体涉及一种高精度河道流量检测系统，所述河道流量检测系统包括控制箱、测流仪、测流仪轨道和移动座；所述控制箱安装在岸上平台处，所述测流仪安装在移动座上，所述移动座可沿所述测流仪轨道运动；所述测流仪轨道至少为两组，两组测流仪轨道分别安装在河道两侧且位于水下。所述测流仪利用声学多普勒测流仪，所述测流仪轨道和移动座用于控制行测进行速度，从而提高精度。本实用新型高精度河道流量检测系统解决了由于声学多普勒测流仪在高含沙水域内由于行测速度不易控制而导致的精度下降问题，达到高精度测量要求，同时具有测量数据准确、效率高、不影响流场、不影响航道等优点。