本实用新型提供一种绿色建筑节能屋顶结构，包括顶层楼板、房梁，所述顶层楼板与房梁之间设有支撑柱；所述房梁包括顶梁框架以及对称设置在顶梁框架两侧的倾斜框架；所述顶梁框架内对称设有蓄水池，所述蓄水池之间设有绿化区域，所述绿化区域包括依次设置的植物层、土壤层、沙石混合层，所述沙石混合层下方设有可发性聚苯乙烯颗粒层，所述可发性聚苯乙烯颗粒层下方设有中空固定板层，所述中空固定板层内部设有活性炭层，所述中空固定板层上方对称设有通孔，所述中空固定板层的两侧分别与蓄水池底部连通。本实用新型通过绿化区域两侧设置连通蓄水池的方式，实现绿化区域的植物浇灌自给自足，只需要定时进行维护，既可以有很好的绿化效果。