本实用新型公开了一种带消音结构的蛋白质分离器底座,包括底座本体和盖板，所述底座本体与盖板相互盖合形成密闭腔，所述密闭腔内设有固定在底座本体上的围框，所述围框的前内壁上分别连接有第一隔板和第二隔板，所述第一隔板、第二隔板和围框将密闭腔分隔成进气腔、第一流通腔和第二流通腔，所述进气腔内设有用于吸入气体的进气口，所述第一流通腔和第二流通腔内设有将气体输送到水泵内的出气口，所述第一流通腔和第二流通腔均与进气腔连通。本实用新型能够提供更好的消音效果，还能够更好地节省占用空间，并且外形更加地美观，避免了独立设置在装置外侧的消音装置给整体带来突兀的不佳效果。