本实用新型公开了一种基于在线式近红外的生物燃料水分测量仪，具体涉及生物燃料领域，包括近红外光谱仪，所述近红外光谱仪的底部设置有底座，所述底座的两侧均设置有圆杆，所述圆杆的外侧设置有转动块，所述转动块的顶部设置有第一竖杆，所述第一竖杆的顶部设置有第二竖杆，所述第二竖杆的顶部设置有横板。本实用新型通过设置保护壳，让保护壳位于近红外光谱仪的顶部，通过保护壳可以对其进行保护，通过移动杆位于凹槽板与固定板之间，通过防止保护壳发生晃动，对内部的近红外光谱仪进行保护，便于长久使用，之后让保护壳先下运动，让近红外光谱仪进到保护壳的内部，从而可以对近红外光谱仪全面保护，便于运输或携带。