本实用新型涉及病理组织处理设备领域，特别涉及一种自动化的病理组织处理系统，包括:处理篮，具有若干个存放腔，存放腔适于包埋盒叠加放置，且存放腔的底壁处的处理篮上设有第一通孔；组织脱水件；转运组件，包括用于放置处理篮的存放槽体，在对应各第一通孔处的存放槽体底部设有第二通孔，转运组件还包括设置于存放槽体下侧的推杆，推杆可升降的设置，以穿过第一通孔向上推动存放腔内的包埋盒；第一移动件，带动处理篮由组织脱水件、存放槽体之间移动；包埋组件，包括具有包埋工位的包埋板、包埋件；第二移动件，将处理篮上侧的包埋盒移动至包埋工位，本实用新型能够自动化的对组织完成脱水、包埋，有效的解决了现有技术中存在的问题。