本实用新型公开了一种微生物菌种恒温培养装置，包括壳体和多个培养槽，壳体内设置有多个培养箱，培养箱固定设置在壳体侧壁上，壳体侧壁上设置有多个开口，开口与培养箱对应设置，培养槽自由穿过开口，培养槽的左侧侧壁上设置有推板，培养箱内设置有电加热单元，培养箱侧壁上还设置有温度传感器，壳体内顶部设置有多个灯照单元，灯照单元与培养箱对应设置。本实用新型通过培养槽与培养箱一一对应设置，将微生物菌种的培养环境限定在一个独立、紧凑的环境中，便于微生物菌种环境的快速调节，节省能耗，同时一个恒温培养装置能够同时对多个环境要求不同的微生物菌种同时进行培养，方便管理使用，对微生物菌种的培养研究具有重要意义。