本实用新型公开了一种菌体破壁装置，属于生物设备技术领域，包括顺次连通的输送单元、破壁单元以及冷却单元；所述破壁单元包括具有开口的第一筒体，第一筒体的开口上盖合有第一盖板，第一筒体的底部设置有加热组件，加热组件通讯连接有温度控制器，温度控制器与第一筒体内部通讯连接，温度控制器与输送单元通讯连接；所述第一筒体内设置有第一菌体流通管道，第一菌体流通管道的两端贯穿第一筒体侧壁且伸出；所述第一筒体的底部开设有加热介质出口，加热介质出口上设置有第一密封塞，所述第一筒体的顶部开设有加热介质入口；可以实现菌体壁的连续破裂且不会使得细胞壁破裂的菌体长时间处于高温环境下造成目标产物的损坏。