本实用新型公开了一种玉米制种脱粒机，包括脱粒机主体，所述脱粒机主体内设置有锟轴，且锟轴设置有两个，并且锟轴的表面均匀分布有凸点结构，所述锟轴的下端设置有挫轴，且挫轴设置有两个，并且挫轴的表面设置有倾斜凹槽结构和凸块结构，所述锟轴的内轴上设置有第一齿轮，且第一齿轮的下端设置有第二齿轮。该玉米制种脱粒机采用第二齿轮带动挫轴进行旋转，接着第二齿轮可将另一个挫轴上的第二齿轮进行带动，然后挫轴就可相互进行撮合，同时第二齿轮可将第一齿轮进行带动，接着第一齿轮可将锟轴进行带动，这样锟轴和挫轴可将玉米进行旋转脱离，然后玉米粒可通过出粒口进行排出，接着玉米可在挫轴的作用下从第一出料口进行排出。