本实用新型提供一种微生物隔离培养器皿，涉及微生物培养领域，包括培养皿和套在培养皿外部的皿套，所述培养皿包括皿体、与皿体插接的皿盖，所述皿体与下皿套螺纹连接，所述皿盖与上皿套螺纹连接，所述上皿套与下皿套螺纹连接。本实用新型中，皿体外侧、皿盖外侧分别与下皿套、上皿套连接，并将上皿套、下皿套之间连接，连接稳固、保证了培养皿外侧平整，便于培养皿的叠放；通过在皿套内设置夹片使皿套与培养皿之间留有一定的缓冲距离，皿套采用聚乙烯材料增大了摩擦系数，使皿体在受到外力时不易于移动，且在与外物发生碰撞时避免破损；采用皿套与培养皿螺纹连接的方式，拆卸方便，便于使用后皿套与培养皿的分类处理。